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Moclinejo está ubicado en una loma del cerro de Piedras Blancas, en un paraje propio de la Axarquía, poblado de olivos, almendros y viñedos.
Como lugar de interés existe la llamada Olla de los Muertos, lugar donde se produjo una derrota de las tropas del Adelantado de Antequera en su intento de conquistar estas tierras.
No existe documentación que permita establecer posibles poblamientos anteriores al período árabe-andalusí.
Durante la dominación musulmana, Almáchar, El Borge, Cútar y Moclinejo formaban un conjunto conocido como «Las Cuatro Villas», que gozaba de la protección del castillo de Comares.
En el espacio comprendido entre su término y los de El Borge y Totalán, se produjo uno de los acontecimientos más destacados del s. XV en la larga lucha entre cristianos y musulmanes que precedió a la desaparición de reino nazarí de Granada. En 1483, desde Antequera y a instancias del adelantado de Andalucía D. Pedro Enríquez, se trazó un plan para conquistar Málaga por la Axarquía, debido a los saqueos sistemáticos de Muley Hacen, padre de Boabdil, refugiado en esta ciudad. Los habitantes de Moclinejo al ver llegar las tropas castellanas que, al mando del Marqués de Cádiz, iban arrasando los campos, se salieron de la fortificación y los atacaron desde las partes altas causando fuertes estragos entre las tropas cristianas. Todavía este lugar del término municipal de Moclinejo se la llama «Hoya de los Muertos», y a otro punto próximo «Cuesta de la Matanza».
Uno de los más graves acontecimientos vividos por la población de este municipio en su historia reciente es la aparición, en 1875, en la finca de la Indiana -en el término de Moclinejo- de la plaga producida por la filoxera, que en muy poco tiempo vendría a arruinar a toda la comarca, cuya economía se sustentaba fundamentalmente en el cultivo de la vid.
